祖神之战，动辄便是毁天灭地的力量，强如祖神，在同级的实力下，也是存在死亡的。燧人氏身死，伟大的躯体横尸在了死城之中，武祖临死去之时封印自身，化为石人，但不想却被祖君打碎。佛陀的魂魄被强行震出体外，无法回归，无量无上佛身跌落迷失于茫茫东海之中。而祖君们也有死伤，他们的躯体是由虚凝实而来，有几位只是力竭被拉回去的，相对于祖神，他们占了便宜。
大战越来越惨烈，诸多高手都无法再安然，虚幻伪神最终也加入战团，长生界关系到他们的根本，即便是鸿钧也不得不出手大战祖君。
祖神们的势力越发强大了，祖君们最终难以抵挡，伏羲以燃烧灵魂为代价将死城打落在了龙岛，他也坠落而下，只剩一丝魂魄，随身八卦也跌落在那里。
死城被封之后，没有力竭的祖君通过古井逃回死界，女娲和有巢追杀而去，出了古井，祖君们早已逃得没了踪影，然而，有巢突然发现古井存在阵法，一座巨碑瞬间笼罩而下，企图斩断死界与九州的联系，有巢氏毅然以疲惫带伤的躯体硬撼天碑，但正当他全力对抗封印力量的时候，一位似乎无力远遁而勉强隐藏的祖君偷袭了他，最终，他不得不身死在古井之中。
女娲刚离开便感应到有巢的危险，待她瞬间赶到，却还是晚了一步，祖神级的出手迅捷无比，一念之间可攻击千百万次。女娲含恨，最终，这位已临暮日的祖君饮恨在了她的手下。
在这个祖君临死前，女娲通过搜寻它的记忆，知道了更为惊人的秘密。
原来，那个超越祖神境界的契机与那个黑暗巨神有关，即使强如黑暗巨神，也并没有超越祖神，它只是一位处于祖神境界顶点的存在，那个所谓的契机，在光明与黑暗的尽头。
光明与黑暗发源于一点，那似乎是另外一个世界的漏洞，光暗不过是那个世界透过漏洞散发的一丝力量的变异而已，由此可见，那未知的地方，究竟是如何恐怖。
无数岁月之前，黑暗企图吞噬光明，从而强大自身，之后逆转自己，回到原点那里的世界。然而，本无心争强的光明，最终在黑暗的不断挑衅下奋起抵抗，竟然战胜黑暗，笼罩了世间，从而产生了四方世界，百族云集。
黑暗不可能真的消失，它与光明本为同体，它只是蛰伏在了光明之下，黑暗在被困之前，偷天换日，给自己埋下了一颗种子，这颗种子就是黑暗巨神。
女娲在得知这些的同时，也知道了祖君们利用黑暗秘法竟然将死界和洪荒天界联通了，由于洪荒天强者不能离开洪荒天，再有以前的祖神们依然与他们在那一界互相牵制，所以无法降临死界来助它们征战四方。
由于各界都被封困了，女娲也无法脱身出死界，于是她想用刚刚杀死的祖君之骨模仿死城魔井制造一个通道，但最终没有成功，这个通道只能达到由虚凝实的作用，于是女娲便如萧晨那样回归了九州，她发现死城拘谨了很多强者，这些人已死，却被控制，只剩下保卫这座城的意识，女娲无心毁灭它们，对于祖神来说，这一切实在不足一提。女娲直接来到燧人氏的尸体旁，给他盖上裹尸布，之后到东海寻到处于迷失之中佛陀的无上无量佛身，也为其披挂了裹尸布，然后以**力给整座龙岛设下了神光等封印，她连番战斗，所剩力量不多，一番布置之后，力竭，被拉回了死界。
女娲回到死界后，恢复了一点力量，用祖君骨骸炼制女娲戒，然后再次回到九州，以女娲戒盛装始祖龙仅剩的头骨和仅余一丝魂魄的伏羲，然后在洛阳城处将全身力量困于地下，从而达到力竭被拉回死界的目的。后来，女娲留在洛阳的力量，被萧晨驾驭的上古黄泥台吸收了。
女娲还记挂着龙族和死城，龙族是一股强大的力量，不可被永世封困，她为了给龙族留下出去的希望，将禁忌封印设定为每隔一段时间开启半年。
为了以防万一，她还炼制了祖龙船，祖龙船为始祖龙头骨炼化而成。龙王集齐可召唤祖龙船，这些龙王到外面的世界才会有更大的神性，成就祖龙的机会就更大。
而同时，她也给那些能够逃出死城的强者留了后路，那便是君王船，由祖君骸骨炼制，她将伏羲身躯安放其中，由于伏羲之前承受了死城无尽煞气，所以此时他的气息才如此阴邪。
做完这些之后，女娲开始恢复伤体，她在疗伤期间，点化了一位火种生物，而且将女娲戒送于了它，它，便是神村中人的祖上。
然而，女娲却不知道，无数岁月之后，祖君骸骨中的死亡力量和死城残留之力竟然泯灭了伏羲最后一丝残魂，此时伏羲以身上的死气为引，吸进祖君残存之力，从而踏上了另一条路，那便是逆死而生，成就祖君，他复活后定然会记起前世一切，虽为祖君，也必会守护九州。
伏羲的异变，女娲虽不知晓，但对死亡气息敏感的重伤垂死在深渊下恢复的黑暗祖君却发觉了，它感应到一位沉睡着的强大死亡存在在产生，然而，它此时却无能为力，在长生界大战后，其它的祖君早已陷入深度沉睡，即便是他，也不过是仅能维持一丝微乎其微的灵识清醒，它靠着这丝灵识发现了伏羲，无奈下，只有借助种族之力，于是，在把这个消息传递到洪荒天之后，这位祖君唯一清醒的一丝灵识也不得不疲惫的回归本体，陷入沉睡。
黑暗族虽不能离开洪荒天界，但却不乏大能力者，于是，一些功参造化的黑暗巨擘，动用莫**力，穿越浩瀚虚空，向着君王船发出一击。然而，让他们始料未及的是，那强大的攻击还没有轰中目标，一艘神光灿灿的伟岸巨船，拖着翻天覆地的金色浪潮，宛若灭世巨龙腾跃而至；于此同时，一座透发无尽死气，威压震慑天地的森然古堡，承载于茫茫骨海之上，犹似诛灭乾坤的史前巨魔骤然降临。